ソフトウェアのインストール

Windows

  1. 最近のバージョンの Java JRE がシステムにインストールされていることを確認します。Java はここから無料で入手できます。
  2. Gephi のダウンロードが終わったら、インストーラを実行して、画面に表示される指示に従って操作します。

Mac OS X

  1. Gephi では Java SE 6 が必要ですが、Java SE 6 はデフォルトでは有効になっていない可能性があります。「Java 6 のインストール」を参照してください。
  2. Gephi のダウンロードが終わったら、ダウンロードした .dmg ファイルをクリックします。
  3. Gephi アプリケーションを自分のアプリケーションフォルダにドラッグします。

Linux

  1. 最新の公式 JRE パッケージ (25 以降にアップデート) でディストリビューションをアップデートします。OpenJDK は使わないでください。
  2. Gephi のダウンロードが終わったら、ダウンロードしたファイルを適当なディレクトリに解凍、展開します。
  3. ./bin/gephi スクリプトファイルを実行します。

Ubuntu ユーザーの場合: Synaptic を使って Sun Java をインストールします。クイック検索で「sun java」を検索し、JRE と JDK をインストールしてください。インストールが終わったら、忘れずに「update-alternatives –config java」と「update-alternatives –config javac」を実行しておきます。
8.10 を使っている場合は、配布されているパッケージが古いので、Oracle の Web サイトから Java をダウンロードして手作業でインストールしてください。
ArchLinux ユーザーの場合: コミュニティパッケージはここから入手できます。

トラブルシューティング

JVM Creation failed

このエラーメッセージが表示されるのは、メモリ設定が原因です。次の項目を参照してください。

メモリ

Gephi で利用可能なメモリは、Java によって決定されます。メモリは、Gephi の起動設定によって少なくしたり多くしたりすることができます。メモリが少な過ぎる場合、制限に達したときに Gephi が停止し、それまでの作業内容は失われます。メモリが多過ぎる場合は、Java が起動できず、「JVM Creation failed」というメッセージが表示されます。デフォルトでは、最大メモリは 256mo または 512mo に設定されています。

メモリ設定を変更するには、Gephi の設定ファイルを編集する必要があります。最大ヒープサイズを変更するには、-Xmx オプションの後に指定する値を変更します。たとえば、256 MB から 1024 MB までのヒープサイズを使用するには、オプションを -Xms256m と -Xmx1024m に変更します。すでに Gephi を開いている場合には、いったん Gephi を閉じて開き直さないと、新しく設定したオプションは有効になりません。2GB のメモリを搭載したコンピュータでは、-Xmx1400 を指定すると最高のパフォーマンスを発揮できます。

gephi.conf の編集方法は次のとおりです。

  • Windows では、[スタート] メニューの [Gephi] をポイントし、[Startup Settings] をクリックします。ファイルをメモ帳または WordPad で編集します。別の方法として、C:\Program Files\Gephi\etc\gephi.conf を開いてファイルを編集するやり方もあります。
  • Mac OS X では、Gephi アプリケーションのアイコンを右クリックし、[パッケージの内容を表示] を選択します。新しい Finder ウィンドウに [Contents] フォルダが表示されます。[Contents] フォルダを開き、次に [Resources/gephi/etc] フォルダを開きます。このフォルダに、gephi.conf ファイルがあります。TextEdit を使ってファイルを編集します。
  • Linux では、Gephi のディレクトリに移動し、[etc] フォルダを開きます。テキストエディタでファイルを編集します。

大規模なグラフを扱う場合など、1.5 GB を超えるメモリで Gephi を使う場合には、64 ビットバージョンの Java を使う必要があります。次の項目を参照してください。

64 ビット

Gephi は、64 ビットアーキテクチャ (AMD64、Intel Core 2 Duo、Intel Core i7)、64 ビット OS (Windows Vista 64 ビット、Windows 7 64 ビット)、および 64 ビットバージョンの Java (JVM 64-Bit Server) で問題なく動作することが確認されています。大規模なグラフを扱う場合など、1.5 GB を超えるメモリで Gephi を使う場合には、64 ビットのアーキテクチャ、OS、および 64 ビットの JVM を用意する必要があります。互換性のある 64 ビットの JRE または JDK は、Java の Web サイトからダウンロードできます。

同じマシンに複数の JRE や JDK がインストールされている場合には、特定のパスを使用するよう Gephi に指示することができます。上の項目で説明したとおり、gephi.conf を編集し、jdkhome の行をアンコメントして、使用する JRE または JDK のパスを設定してください。

Linux での JRE のパス

Linux でのインストール手順に従って Gephi をインストールした後も、不適切な Java パッケージが実行される場合は、Java 仮想マシンを手作業で設定してください。具体的には、環境変数 JAVA_HOME または環境変数 JDK_HOME に、使用する JVM のホームフォルダを設定します。

各種ユーザーファイル

インストールした gephi を初期状態に戻すには、gephi のユーザーディレクトリを削除してください。

  • Windows 2000/XP の場合、ユーザーディレクトリは C:\Documents and Settings\username\Application Data\.gephi です。
  • Windows Vista/7 の場合、ユーザーディレクトリは C:\Users\username\AppData\Roaming\.gephi です。
  • Mac OS X の場合、ユーザーディレクトリは /Users/username/Library/Application Support/gephi です。
  • Linux の場合、ユーザーディレクトリは /home/username/.gephi です。

OpenJDK

OpenJDK はサポートされていません。必ず、Oracle の Web サイトから入手できる公式の Java 6 バージョンを使用してください。

OpenJDK でも Gephi が起動することがありますが、ほとんどの場合、グラフウィンドウのロードに失敗します。